Με κεντρικό θέμα το χρόνο, ο ήρωας του παιχνιδιού Jack Joyce έρχεται αντιμέτωπος με τον βασικό του αντίπαλο Paul Serene, προσπαθώντας να ξετυλίξει το κουβάρι του μυστηρίου που περιβάλει το αποτυχημένο πείραμα του Riverport University πάνω στον χρόνο στο οποίο οφείλονται όλα.